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プロテオミクス研究室
Laboratory of Proteomics

担当教員 : 紀藤　圭治専任教授
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＜研究略歴＞

1995年、東京大学 理学系研究科修士課程修了。第一製薬株式会社、 金沢大学 がん研究所助手、 東京大学大学院 新領域創成科学研究科特任助教を経て、2009年より明治大学 農学部 専任講師 。
2021年より現職。2003年に東京大学にて博士（理学）取得。

＜主な担当科目＞

タンパク質科学Ⅰ・Ⅱ、生命科学実験Ⅲ

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研究室 : 第一校舎5号館4階402号室

研究テーマ

多くの生物種でゲノム配列の解読がなされてきた現在、大規模かつ包括的な解析を通して生命現象の実態に迫ろうとする、いわゆるオミックス研究が様々な生体分子種を対象に進められており、生命科学において重要な研究領域としての位置を確立しつつある。

当研究室では、なかでも生体機能の中核を成すタンパク質を対象としたプロテオミクス研究に、質量分析を活用した定量的アプローチにより取り組んでいる。質量分析によるタンパク質解析は、プロテオームのカタログ化から翻訳後修飾および相互作用の解析のみならずそれらの定量的計測を可能にする技術基盤であり、プロテオミクス研究において多くの解析対象に対し最も有効な解析手法である。

対象生物として、最初にゲノム配列が解読された真核生物であるとともに、細胞生物学、分子生物学、生化学などの様々な実験手法が充実した出芽酵母を実験材料とした研究を行っている。 具体的には、①様々な生育環境やストレス存在下での酵母種間におけるプロテオーム比較解析、②細胞老化に関わる老化タンパク質の網羅的解析、③熱ストレス耐性に関わるタンパク質の探索、④プロテオーム絶対定量解析技術の開発、⑤重複遺伝子群の定量計測と進化的意義の解析、などの研究を行っている。これらの課題に対する解析手段としては既存のものでは不十分であるため、独自の解析技術・方法論を開発することで、ユニークかつ精度の高いプロテオミクスデータを獲得することを目指すとともに、そうしたデータに基づいて生命現象を担う分子システムの実態を理解することを目標としている。

研究室メンバー

修士2年　4名；　学部4年　7名；　学部3年　5名

研究業績

＜学術論文＞

  • Setiamarga DHE, Hirota K, Yoshida MA, Takeda Y, Kito K, Ishikawa M, Shimizu K, Isowa Y, Ikeo K, Sasaki T, Endo K. Hydrophilic Shell Matrix Proteins of Nautilus pompilius and the Identification of a Core Set of Conchiferan Domains. Genes (Basel). 12, 1925. 2021.
  • Morohoshi K, Yamazaki T, Kito K, Sato B, Kang W, Hibino T, Yoshida M, Yoshida K, Iwamoto T, Yamada M, Miyado K, *Kawano N. Identification of an antibacterial polypeptide in mouse seminal vesicle secretions. J Reprod Immunol. 148, 103436. 2021.
  • Kintaka, R., Makanae, K., Namba, S., Kato, H., Kito, K., Ohnuki, S., Ohya, Y., Andrews, B.J., Boone, C., *Moriya, H. Genetic profiling of protein burden and nuclear export overload. eLife. 9, pii: e54080. 2020.
  • *Ishikawa, A., Shimizu, K., Isowa, Y., Takeuchi, T., Zhao, R., Kito, K., Fujie, M., Satoh, N., *Endo. K. Functional shell matrix proteins tentatively identified by asymmetric snail shell morphology. Sci. Rep. 10, Jun. 2020.
  • *Tsukada, T., Isowa, Y., Kito, K., Yoshida, S., Toneri, S., Horiguchi, K., Fujiwara, K. Yashiro, T., Kato, T., *Kato, Y. Identification of TGFβ-induced proteins in non-endocrine mouse pituitary cell line TtT/GF by SILAC-assisted quantitative mass spectrometry. Cell Tissue Res. 376, 281-293. 2019.
  • *Shimizu, K., Kimura, K., Isowa, Y., Oshima, K., Ishikawa, M., Kagi, H., Kito, K., Hattori, M., Chiba, S., Endo, K. Insights into the evolution of shells and love darts of land snails revealed from their matrix proteins. Genome Biol. Evol. 11, 380-397. 2019
  • Eguchi, Y., Makanae, K., Hasunuma, T., Ishibashi, Y., Kito, K., *Moriya, H. Estimating the Protein Burden Limit of Yeast Cells by Measuring Expression Limits of Glycolytic Proteins. Elife. 7. pii: e34595. 2019
  • *Tsukada, T., Yoshida, S., Kito, K., Fujiwara, K., Yako, H., Horiguchi, K., Isowa, Y., Yashiro, T., Kato, T., *Kato, Y. TGFb signaling reinforces pericyte properties of the non-endocrine mouse pituitary cell line TtT/GF. Cell Tissue Res. 371, 339-350. 2018.
  • Okada, M., Kusunoki, S., Ishibashi, Y., *Kito, K. Proteomics analysis for asymmetric inheritance of preexisting proteins between mother and daughter cells in budding yeast. Genes Cells. 22, 591-601. 2017.
  • Suzuki, M., Shibuya, M., Shimada, H., Motoyama, N., Nakashima, M., Takahashi, S., Suto, K., Yoshida, I., Matsui, S., Tsujimoto, N., Ohnishi, M., Ishibashi, Y., Fujimoto, Z., Desaki, Y., Kaku, H., *Kito, K., *Shibuya, N. Autophosphorylation of specific threonine and tyrosine residues in Arabidopsis CERK1 is essential for the activation of chitin-induced immune signaling. Plant Cell Physiol. 57, 2312-2322. 2016.
  • *Kito, K., Okada, M., Ishibashi, Y., Okada, S., Ito, T. A Strategy for Absolute Proteome Quantification with Mass Spectrometry by Hierarchical Use of Peptide-concatenated Standards. Proteomics. 16, 1457-1473. 2016.
  • *Kito, K., Ito, H., Nohara, T., Ohnishi, M., Ishibashi, Y., Takeda, D. Yeast inter-species comparative proteomics reveals divergence in expression profiles and provides insights into proteome resource allocation and evolutionary roles of gene duplication. Mol Cell Proteomics. 15, 218-235. 2016.
  • Isowa, Y., Sarashina, I., Oshima, K., Kito, K., Hattori, M. *Endo, K. Proteome analysis of shell matrix proteins in the brachiopod Laqueus rubellus. Proteome Sci. 13, 21. 2015.

 

＜学会発表＞

  • 紀藤圭治．プロテオームバランスの比較とその数値化．2019年12月、第42回日本分子生物学会年会
  • 田口広和、紀藤圭治．出芽酵母のプロテオーム最適化に向けた多重遺伝子欠損株の解析．2019年12月、第42回日本分子生物学会年会
  • 佐竹航平、三宅賢治、紀藤圭治．佐竹航平、三宅賢治、紀藤圭治．2019年12月、第42回日本分子生物学会年会
  • Keiji Kito. The use of unique peptide-tags for sensitive detection of yeast proteome. 18th Human Proteome Organization World Congress, Adelaid, Australia Sep. 2019.
  • 紀藤圭治．ペプチドタグ導入酵母を用いたプロテオーム高感度解析に向けたアプローチ．2019年9月、酵母遺伝学フォーラム第52回研究報告会
  • 紀藤圭治．代謝嗜好性やゲノム構造の異なる多様な酵母種間の比較プロテオーム解析．2019年7月、日本プロテオーム学会2019年大会
  • 三宅賢治、佐竹航平、紀藤圭治．内部標準による高精度・高感度定量解析に向けたアプローチ．2019年7月、日本プロテオーム学会2019年大会
  • 田口広和、紀藤圭治．出芽酵母におけるプロテオームバランスの改変とその細胞増殖能への影響．2019年7月、日本プロテオーム学会2019年大会
  • 佐竹航平、三宅賢治、紀藤圭治．高感度・網羅的同定のためのペプチドタグ導入酵母の作製．2019年7月、日本プロテオーム学会2019年大会
  • 田口広和、紀藤圭治．出芽酵母における機能グループごとのタンパク質発現量とその細胞増殖能への影響．2018年11月、第41回日本分子生物学会年会
  • 野谷大樹、岡田充弘、紀藤圭治．出芽酵母におけるタンパク質不均等分配の包括的解析．2018年11月、第41回日本分子生物学会年会
  • Keiji Kito. A genetic approach toward mass spectrometry-based comprehensive and sensitive quantification of yeast proteome. 17th Human Proteome Organization World Congress, Orland, Florida, USA Oct. 2018.
  • 紀藤圭治．タグペプチドを用いたプロテオーム解析最適化酵母の作製．2018年9月、酵母遺伝学フォーラム第51回研究報告会
  • 田口広和、紀藤圭治．異なる炭素源におけるタンパク質発現量の変化とその細胞増殖能への影響．2018年9月、酵母遺伝学フォーラム第51回研究報告会
  • 野谷大樹、岡田充弘、紀藤圭治．出芽酵母のsir2欠損株と野生株におけるタンパク質不均等分配の比較解析．2018年9月、酵母遺伝学フォーラム第51回研究報告会
  • 田口広和、寺川瑛、紀藤圭治．異なる炭素源におけるタンパク質発現量の変化とその細胞増殖能への影響．2018年5月、日本プロテオーム学会2018年大会（MSP2018）杉山 知史、紀藤 圭治、岡田 光弘、楠 竣太、谷車 亮、野谷 大樹、六本木 智裕．出芽酵母におけるタンパク質不均等分配とその分裂寿命への影響．2017年12月、第40回日本分子生物学会年会
  • 岡田充弘、楠竣太、杉山知史、石橋裕子、紀藤圭治．出芽酵母の細胞分裂におけるタンパク質不均等分配のプロテオミクス解析．2016年12月、第39回日本分子生物学会年会
  • 古澤和俊、石橋裕子、鳥居幸也、紀藤圭治．熱耐性に関わる新規タンパク質を特定するための酵母種間での比較プロテオミクス．2016年12月、第39回日本分子生物学会年会
  • 杉山知史、岡田 充弘、楠竣太、陳思キ、紀藤圭治．出芽酵母における老化タンパク質の分裂寿命への影響．2016年12月、第39回日本分子生物学会年会
  • 寺川瑛、畔上楓、石橋裕子、紀藤圭治．出芽酵母におけるプロテオーム資源分配の最適化と細胞増殖能との関係．2016年12月、第39回日本分子生物学会年会
  • Keiji Kito, Mitsuhiro Okada, Shunta Kusunoki, Satoshi Sugiyama, Yuko Ishibashi. Old-age proteins asymmetrically inherited in mother cells of budding yeast. 15th Human Proteome Organization World Congress in Taipei International Convention Center, Taipei, Taiwan. Sep. 2016.
  • 紀藤圭治、岡田充弘．質量分析と安定同位体を用いたタンパク質の量的および質的解析方法．2016年9月、日本遺伝学会第88回大会
  • 岡田充弘、楠竣太、杉山知史、石橋裕子、紀藤圭治．質量分析を用いた細胞分裂時におけるタンパク質不均等分配の網羅的解析．2016年9月、酵母遺伝学フォーラム第49回研究報告会
  • 古澤和俊、石橋裕子、鳥居幸也、紀藤圭治．酵母種間での比較プロテオーム解析による熱耐性に関わるタンパク質の探索．2016年9月、酵母遺伝学フォーラム第49回研究報告会
  • 寺川瑛、石橋裕子、紀藤圭治．出芽酵母における代謝および翻訳へのプロテオーム資源分配と細胞増殖との関係．2016年9月、酵母遺伝学フォーラム第49回研究報告会
  • 紀藤圭治．酵母種間の比較プロテオミクス．2016年7月、日本プロテオーム学会2016年大会
  • 岡田充弘、楠俊太、杉山知史、石橋裕子、紀藤圭治．出芽酵母におけるタンパク質不均等分配のプロテオーム解析．2016年7月、日本プロテオーム学会2016年大会
  • 古澤和俊、石橋裕子、鳥居幸也、紀藤圭治．酵母種間でのプロテオーム比較解析による熱耐性に関わるタンパク質の探索．2016年7月、日本プロテオーム学会2016年大会
  • 寺川瑛、石橋裕子、紀藤圭治．出芽酵母におけるプロテオーム資源分配最適化の細胞増殖能への影響．2016年7月、日本プロテオーム学会2016年大会
  • 野谷大樹、岡田充弘、紀藤圭治．出芽酵母の短寿命株と野生株におけるタンパク質不均等分配の比較解析．2018年5月、日本プロテオーム学会2018年大会（MSP2018）
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