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バイオインフォマティクス研究室
Bioinformatics Laboratory

担当教員 : 矢野 健太郎教授
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<研究略歴>

2000年 京都大学大学院農学研究科農学専攻博士課程修了。
かずさDNA研究所、東京大学大学院などを経て、明治大学農学部に着任。

<主な担当科目>

バイオインフォマティクス入門、バイオインフォマティクス、生命科学実験Ⅰ

<ひとこと>

ビッグデータから生命原理を探り、世界に発信する.

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研究室 : 第一校舎6号館3階306号室

研究テーマ

当研究室では,ゲノム,トランスクリプトーム,メタボロームを始めとする様々なオミックス情報を大規模解析することにより,新たな生物学的知見を得ることを目的とした研究を推進しています。 現在,特に,種や組織,器官,生育ステージなどで特異的に発現する有用な遺伝子(産物)の同定や,複数の異なるオミックス情報を統合解析するシステムズ・バイオロジーへの発展を目指しています。 研究テーマとしては,ゲノムの機能と構造のアノテーション,ESTや完全長cDNAの配列解析,高速シーケンサー・データやマイクロアレイ・データの統計解析手法の構築,ゲノム上に散在するsmall RNAやトランスポゾン、変異の探索,遺伝子の発現制御ネットワーク機構の解明,代謝パスウェイ予測,Webデータベース構築などがあります。 また,大規模情報を効率的に調査するための自然言語処理を用いたテキストマイニング法や統計解析手法の確立、それらの手法を実行するための解析ソフトの開発も展開しています。

研究室メンバー

研究員 3名、技術員 5名、4年生 2名、3年生 1名

研究業績

<代表的な論文>

1. Saneyoshi Ueno†*, Yukino Nakamura†, Masaaki Kobayashi, Shin Terashima, Wataru Ishizuka, Kentaro Uchiyama, Yoshihiko Tsumura, Kentaro Yano*, Susumu Goto (2018) (†; Contributed equally to this study, *; Corresponding authors) TodoFirGene: Developing transcriptome resources for genetic analysis of Abies sachalinensis. Plant Cell Physiol. (in press).

2. Masaaki Kobayashi, Hajime Ohyanagi, Hideki Takanashi, Satomi Asano, Toru Kudo, Hiromi Kanegae, Atsushi J. Nagano, Hitoshi Tainaka, Tsuyosi Tokunaga, Takashi Sazuka, Hiroyoshi Iwata, Nobuhiro Tsutsumi, Kentaro Yano* (*; Corresponding authors) (2017) Heap: a highly sensitive and accurate SNP detection tool for low-coverage high-throughput sequencing data. DNA Research 24(4):397-405.

3. The Tomato Genome Consortium (2012) The Tomato Genome Sequence Provides Insights into Fleshy Fruit Evolution. Nature 485: 635- 641.

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